一、RNA和DNA提取

裂解

进行RNA或DNA提取时，裂解步骤是关键。提取目的不同，裂解的具体配方也有所不同，但通常都会使用高浓度的离液盐裂解缓冲液。离液剂（Chaotropes）能有效破坏氢键及疏水性相互作用，常见的离液盐包括盐酸胍、硫氰酸胍、尿素和氯酸钾（KClO4）。此外，裂解缓冲液中通常还会添加去污剂，以帮助蛋白质溶解和裂解。

在根据不同样品类型进行裂解时，可选择加入酶，例如蛋白酶K，其在变性缓冲液中的效果更为显著；相对而言，溶菌酶则适用于在添加变性盐之前的处理。

二、质粒制备注意事项

质粒DNA的分离与RNA或基因组DNA提取存在不同，因为必须确保质粒与基因组DNA得以区分。若早期加入离液剂，会释放所有物质，造成无法辨识的小环状DNA和高分子量染色体。因此，建议在裂解后再添加离液剂以进行盐结合。

三、DNA提取后的纯化

将DNA与色谱柱结合的关键在于使用离液盐，因为这些盐不仅对裂解至关重要，还会影响DNA（或RNA）与色谱柱的结合。为了优化核酸与二氧化硅的结合，通常会加入酒精，这一般是乙醇，或有时是异丙醇。乙醇的浓度和体积需精准控制，过多会影响核酸的读取和产量，过少则可能无法完全去除盐分。使用含有SDS的去污剂时，使用氯化钠作为沉淀剂以避免对DNA或RNA的污染至关重要。

四、洗涤DNA（或RNA）

当裂解物通过硅胶膜进行离心分离后，所提取的DNA或RNA应已与柱子结合，而杂质、细胞蛋白和多糖则应已被去除。然而，膜上可能仍残留细胞蛋白和盐分，来自植物样本的多糖或血液样本的色素可能会留下色彩。洗涤步骤用于去除这些杂质，通常包含两次洗涤，具体可能因样品类型而有所不同。第一次洗涤含有少量离液盐以去除蛋白质和有色污染物，随后则使用乙醇洗涤以去除盐分。去除离液盐对于获得高产量和高纯度的DNA或RNA是至关重要的。

五、RNA和DNA提取的洗脱

在DNA提取方案中，最后一步是将纯DNA或RNA从硅胶中释放。DNA通常在pH值为8-9的10mM Tris缓冲液中进行洗脱，弱碱性环境有助于DNA的溶解。为了最大程度提升洗脱效果，可以在离心前让缓冲液在膜中静置几分钟。RNA通常在微酸性条件下更易溶出，因此在提取时也应予以考虑。

六、RNA和DNA提取实验中的常见问题

1. 产量低：如果DNA/RNA的产量低于预期，可能是裂解不全造成的。此外，确保使用新鲜的高质量乙醇以提高结合效果。

2. 低纯度：如果提取的DNA受到了蛋白质污染，可能是样品量过多或未能有效去除蛋白质。确保使用高质量的乙醇以准备洗涤缓冲液，并考虑再次洗涤色谱柱。

3. 降解问题：在RNA提取中，样品的存储不当往往易导致降解，而DNA提取则不太容易出现类似问题。

七、PCR清理注意事项

PCR清理本身不是DNA提取技术，但采用高浓度结合盐和离心过滤等步骤，可提高其效率。然而，作品中含有的核苷酸、去污剂、盐等物质如果未能妥善处理，会影响PCR净化试剂盒的效果。

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